Lietuvoje juodasis gandras – reta ir saugoma rūšis, įrašytas į Lietuvos raudonąją knygą. Šie paukščiai jau keletą metų  stebimi Žagarės regioninio parko teritorijoje, jie matyti Žagarės miške ir atskrendantys maisto ieškoti į Švėtės upę.